蒙古国立大学孔子学院2007年6月开始试运营，2008年5月揭牌，合建院校为蒙古国立大学和中国山东大学，是蒙古国第一家孔子学院，也是蒙古国目前规模和影响力最大的孔子学院。历经16年的艰苦创业，规模扩大了数倍，现下辖四所孔子课堂和6个教学点，有十多位中国公派专家教师和四十余名汉语教师志愿者，师资队伍不断壮大，教学水平持续提高，已发展成为蒙古国汉语教学与师资培训基地、汉学研究与文化传播基地、HSK考试与奖学金推荐中心，在蒙古国赢得了广泛的知名度、良好的口碑和信誉，成为中蒙两国人文交流的旗舰。
2007年6月16日，蒙古国立大学孔子学院开启试运营。
2008年5月2日，蒙古国立大学孔子学院隆重举行揭牌典礼；首任中方院长李铭起在第三届全球孔子学院大会上，被评为“孔子学院先进个人”。
2009年，首任中方院长李铭起被蒙古国政府授予“先进教育工作者”勋章。
2010年和2012年，学院两度被总部评为“全球先进孔子学院”。
2011年，首任蒙方副院长其米德策耶荣获“全球孔子学院先进个人”奖；时任中方院长于健被授予蒙古国“先进教育工作者奖”和“乌兰巴托荣誉奖章”。
2014年3月12日，时任中方院长朱军利荣获蒙古国教育部嘉奖。
2014年8月，国家主席习近平访蒙，接见了蒙古国立大学孔院代表。
2015年3月，蒙古国立大学孔院主办的《蒙古国汉学研究》创刊号发行仪式成功举行；蒙古国立大学孔院荣获蒙古国立大学“特殊贡献奖”。
2016年7月，时任国家总理李克强访蒙，接见了蒙古国立大学孔院代表。
2019年7月10日，首任蒙方副院长其米德策耶教授荣获“中蒙友好贡献奖”。
2019年8月30日，首任蒙方副院长其米德策耶教授翻译的《习近平谈治国理政》第一卷暨《摆脱贫困》（西里尔蒙古文版）首发式在乌兰巴托举行。
2021年12月23日，时任中方院长朱军利荣获“中蒙文化旅游合作突出贡献奖”。
2021年和2022年，蒙古国立大学孔子学院两度荣获年度全球“中文考试优秀考点”。
2023年6月9日，蒙古国立大学孔子学院翻译研究中心揭牌。
组织管理
学院实行理事会领导下的院长负责制。现任理事长为蒙古国立大学巴达玛宁布先生，现任院长为山东大学程胜利先生，副院长为蒙古国立大学孟和巴特先生。学院直属机构包括孔院办公室、汉语教学部、翻译研究中心、学术研究部、媒体宣传部和教师文体部。
主要职能
汉语教学
●非学历教育：长期开设初、中、高级汉语综合课、蒙汉翻译、商务汉语课程，满足各层次汉语学习者的需要，并为成绩合格者颁发结业证书。
●学历教育：从小学到大学，国立大学孔院涵盖了完整的学历教育课程体系。
奖学金项目
●中国政府奖学金：每年3-4月通过考试从孔子学院优秀学员中择优推荐赴华留学。
●孔子学院奖学金：每年4-5月通过考试从孔子学院优秀学员中择优推荐赴华留学。
本土师资培训与国际汉语教师证书考试
●蒙古本土汉语教师赴华培训：每年7月至8月组织蒙古国本土汉语教师赴山东大学进行为期3周的沉浸式培训。
●《国际汉语教师证书》考试：作为蒙古国唯一的教师证书考点，方便教师们在教学过程中更好地实现“教考结合”，提升自我综合能力。
HSK/HSKK培训与考试
●HSK培训：帮助考生深化所学知识，提高应试技能，针对性强，效果显著。
●HSK考试：作为蒙古国最大的HSK考点，每月定期举办HSK和HSKK考试。
学术研究
●定期举办学术会议，学术调研。出版《蒙古国汉学研究》《翻译学研究》国际期刊。
●致力于本土汉语教材研发和中国文化典籍翻译。先后出版发行了《中文典籍译丛》（含《论语》、《孙子兵法》、《大学》、《中庸》）、《简明常用汉字字典》（蒙文本）、《我们知道的又不知道的中国：思维和文化》等。
●承担一带一路课题研究项目，积极促进中蒙学术交流与合作。
教育文化交流
●孔子学院优秀学员赴华夏令营和冬令营
●组织赴华师资培训团
●蒙古国教育官员访华团、蒙古国大中小学校汉语教学负责人访华团、山东大学校长和蒙古国立大学校长互访团、蒙古国汉学家访华研修团
丰富多彩的文化活动
●中华传统文化体验讲座
●“汉语桥”世界大、中、小学生中文比赛蒙古大区赛
●蒙古国中学生汉语故事会
●蒙古国中学生汉语演讲比赛
●蒙古国中学生影视歌曲演唱比赛
●蒙古国中学生中国民族舞蹈大赛
●蒙古国中学生汉语征文比赛
●蒙古国中学生硬笔书法比赛
●蒙古国中学生中华典籍朗诵比赛
积极参与蒙古国社会公益事业
●蒙古国汉语人才推介会
●蒙古国大、中、小学生奖助学金考试
（统计数字截至2023年9月）